一、職能部門
1.黨委、校長辦公室
2.組織部 統戰部 機關黨委
3.宣傳部 文明辦 新聞中心
4.紀檢監察室 巡察工作辦公室
5.發展規劃處
6.人事處 退休教工管理處
7.學工部 學生處（招生就業辦公室） 人民武裝部
8. 研究生院 研工部 學科建設處
9. 教務處
10.科技處
11. 人文社科處
12.社會合作處 校友聯絡辦公室
13. 外事處 港澳臺辦公室 漢語國際推廣辦公室
14. 實驗室管理處
15.計劃財務處（采購管理辦公室）
16.審計處
17.保衛處
18.校園建設處
19.公共事務管理處（采購中心）
21. 工會
22. 團委
二、二級學院
1. 安定書院、創新創業學院
2．經濟管理學院
3. 馬克思主義學院
4．教師教育學院
5．體育學院
6．人文學院
7．外國語學院
8．藝術學院
9. 音樂學院
10．理學院
11．信息工程學院
12. 工學院
13．生命科學學院
14．醫學院、護理學院
三、科研教輔單位
1.圖書館
2.信息技術中心
3.學報編輯部
4.后勤服務中心
5.檔案館
6.教育評估中心
7.教師教學發展中心
8.馬克思主義講習所
9.跨文化研究中心
10.兩山理念研究院
11.量子物理研究中心
四、附屬單位
1. 附屬第一醫院
2. 附屬中心醫院
3.湖州師范學院附屬初級中心
4. 湖州師范學院附屬小學
5.資產經營有限公司
6.何曉霞刺繡學院
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